一、染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）簡介
染色質(zhì)免疫共沉淀可以：（1）組蛋白修飾酶的抗體作為“生物標(biāo)記”；（2）轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析；（3）藥物開發(fā)研究；（4）DNA損失與凋亡分析。

二、染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）實驗方法原理
在保持組蛋白和DNA聯(lián)合的同時，通過運用對應(yīng)于一個特定組蛋白標(biāo)記的生物抗體，染色質(zhì)被切成很小的片斷，并沉淀下來。
IP是利用抗原蛋白質(zhì)和抗體的特異性結(jié)合以及細(xì)菌蛋白質(zhì)的“prorein A”特異性地結(jié)合到免疫球蛋白的FC片段的現(xiàn)象活用開發(fā)出來的方法。
目前多用精制的prorein A預(yù)先結(jié)合固化在argarose的beads上，使之與含有抗原的溶液及抗體反應(yīng)后，beads上的prorein A就能吸附抗原達到精制的目的。

三、染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）實驗材料 細(xì)胞樣品
試劑、試劑盒 甲醛甘氨酸PBSSDS Lysis Buffer洗脫液RNaseA蛋白酶Komega膠回收試劑盒
儀器、耗材 離心管超聲儀電泳儀離心機

四、染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）實驗步驟
一、細(xì)胞的甲醛交聯(lián)與超聲破碎（ 第一天）
1. 取出1平皿細(xì)胞（10 cm平皿），加入243 ul 37%甲醛，使得甲醛的終濃度為1%（培養(yǎng)基共有9 ml）。
2. 37℃孵育10 min。
3. 終止交聯(lián)：加甘氨酸至終濃度為0.125 M。450 ul 2.5 M甘氨酸于平皿中。混勻后，在室溫下放置5 min即可。
4. 吸盡培養(yǎng)基，用冰冷的PBS清洗細(xì)胞2次。

五、染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）注意事項
1. 注意抗體的性質(zhì)�？贵w不同和抗原結(jié)合能力也不同，免染能結(jié)合未必能用在IP反應(yīng)。建議仔細(xì)檢查抗體的說明書。特別是多抗的特異性是問題。
2. 注意溶解抗原的緩沖液的性質(zhì)。多數(shù)的抗原是細(xì)胞構(gòu)成的蛋白，特別是骨架蛋白，緩沖液必須要使其溶解。為此，必須使用含有強界面活性劑的緩沖液，盡管它有可能影響一部分抗原抗體的結(jié)合。另一面，如用弱界面活性劑溶解細(xì)胞，就不能充分溶解細(xì)胞蛋白。即便溶解也產(chǎn)生與其它的蛋白結(jié)合的結(jié)果，抗原決定族被封閉，影響與抗體的結(jié)合，即使IP成功，也是很多蛋白與抗體共沉的悲慘結(jié)果。
3. 為防止蛋白的分解，修飾，溶解抗原的緩沖液必須加蛋白每抑制劑，低溫下進行實驗。每次實驗之前，首先考慮抗體/緩沖液的比例�？贵w過少就不能檢出抗原，過多則就不能沉降在beads上，殘存在上清。緩沖劑太少則不能溶解抗原，過多則抗原被稀釋。

其他
一、染色質(zhì)免疫共沉淀簡介
真核生物的基因組DNA以染色質(zhì)的形式存在。因此，研究蛋白質(zhì)與DNA在染色質(zhì)環(huán)境下的相互作用是闡明真核生物基因表達機制的基本途徑。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前唯一研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法。它的基本原理是在活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)－DNA復(fù)合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。CHIP不僅可以檢測體內(nèi)反式因子與DNA的動態(tài)作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關(guān)系。而且，CHIP與其他方法的結(jié)合，擴大了其應(yīng)用范圍：CHIP與基因芯片相結(jié)合建立的CHIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選；CHIP與體內(nèi)足跡法相結(jié)合，用于尋找反式因子的體內(nèi)結(jié)合位點；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表達調(diào)控中的作用。由此可見，隨著CHIP的進一步完善，它必將會在基因表達調(diào)控研究中發(fā)揮越來越重要的作用。
二、ChIP的一般流程
甲醛處理細(xì)胞---收集細(xì)胞，超聲破碎---加入目的蛋白的抗體，與靶蛋白-DNA復(fù)合物相互結(jié)合---加入ProteinA，結(jié)合抗體-靶蛋白-DNA復(fù)合物，并沉淀---對沉淀下來的復(fù)合物進行清洗，除去一些非特異性結(jié)合---洗脫，得到富集的靶蛋白-DNA復(fù)合物---解交聯(lián)，純化富集的DNA-片斷---PCR分析。
三、PCR分析
ChIP-chip技術(shù)對于大規(guī)模挖掘順式調(diào)控信息成績卓著，同時它可以用于胚胎干細(xì)胞和一些疾病如癌癥、心血管疾病和中央神經(jīng)紊亂的發(fā)生的機制。研究人員還可以利用這項技術(shù)開發(fā)一些治療方法。目前ChIP-chip技術(shù)研究主要集中于兩個領(lǐng)域：及轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合和條件特異性；組蛋白的修飾，組蛋白修飾蛋白和染色體重建。
ChIP-chip在描述轉(zhuǎn)錄結(jié)合因子動力學(xué)中的研究、染色體結(jié)構(gòu)組分的分布、在組蛋白的修飾、組蛋白修飾蛋白和染色體重建中的應(yīng)用也十分廣泛。ChIP-chip 技術(shù)的優(yōu)點是，可以在體內(nèi)進行反應(yīng)；在給定的檢驗細(xì)胞環(huán)境的模式下得到DNA相互關(guān)系的簡單影像；使用特異性修正抗體鑒定與包含有一個特異性后轉(zhuǎn)錄修正的蛋白質(zhì)的相關(guān)位點；直接或者間接（通過蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)的相互作用）的鑒別基因組與蛋白質(zhì)的相關(guān)位點。缺點是：需要一個特異性蛋白質(zhì)抗體，有時難于獲得；為了獲得高豐度的結(jié)合片段，必須實驗演示胞內(nèi)條件下靶標(biāo)蛋白質(zhì)的表達情況；調(diào)控蛋白質(zhì)的基因的獲取可能需要限制在組織來源中。
總之，ChIP-chip 技術(shù)的發(fā)展為析活細(xì)胞或組織中DNA與蛋白質(zhì)的相互關(guān)系提供了一個極為有力的工具。在未來的研究中，將對芯片的構(gòu)建進行改進，提高其實用性。使用易于獲得抗體，增加這種方法的可用性。
在PCR分析這一塊，比較傳統(tǒng)的做法是半定量-PCR。但是現(xiàn)在隨著熒光定量PCR的普及，大家也越來越傾向于Q-PCR了。此外還有一些由ChIP衍生出來的方法。例如RIP（其實就是用ChIP的方法研究細(xì)胞內(nèi)蛋白與RNA的相互結(jié)合，具體方法和ChIP差不多，只是實驗過程中要注意防止RNase，*后分析的時候需要先將RNA逆轉(zhuǎn)錄成為cDNA）；還有ChIP-chip（其實就是ChIP富集得到的DNA-片段，拿去做芯片分析，做法在ChIP的基礎(chǔ)上有所改變，不同的公司有不同的做法，要根據(jù)公司的要求來準(zhǔn)備樣品）。